Yamaha R1 thế hệ mới sở hữu ngoại hình đẹp mắt và trang bị những tính năng vượt trội so với thế hệ cũ, tăng thêm vẻ đẹp cho nó, chủ xe đã hiệu chỉnh nhiều chi tiết trên xe, điển hình là bộ cánh GP được sơn nhám khá bắt mắt. Yamaha R1 độ phá cách với tông màu xanh nhám. Một điểm được nhiều người yêu thích trên R1 là cụm đèn pha full LED khá nhỏ gọn nhưng đảm bảo độ chiếu sáng hơn rất nhiều so với đèn projector trên thế hệ cũ. Giúp đầu xe trở nên gọn hơn với bộ pát chân kính Lightech, kính chắn gió MRA xám khói thay thế cho trang bị tiêu chuẩn. Hệ thống tay lái được củng cố toàn diện với cùm phanh Brembo Billet, càng bảo vệ tay lái Carbon fiber. Cùm côn CRG GP với nhiều chức năng tăng chỉnh hiện đại. Ngay vị trí cạnh yên xe là bộ ốp bình xăng Clever Wolf Racing. Hông xe được phủ Carbon fiber bắt mắt khiến thân xe chau chuốt hơn qua từng góc nhìn. Cạnh khối động cơ là bộ ốp GB Racing vừa trang trí vừa có chức năng bảo vệ tránh trầy xước. Bộ ống xả độ hiệu Akrapovic dành riêng cho R1 có kiểu dáng hình oval với miệng ống pô vát chéo, phát ra âm thanh trầm ấm đặc trưng. Dựa trên bộ cánh tiêu chuẩn, chủ nhân đã sơn phối màu xanh GP nhám và điểm xuyến thêm bộ tem kẻ sọc đơn giản nhưng đậm tính thể thao.
